Властям не удалось ограничить исламское движение рамками институционного ислама, во главе которого стоит старейший мусульманский университет Аль-Азхар. Садатовский режим сам же ослабил силу и влияние шейхов Аль-Азхара, слишком часто используя представителей официального ислама в своих узкокорыстных политических целях. В результате широкое распространение в стране получили нелегальные экстремистские мусульманские организации, которые выступили как против режима, так и против представителей официального ислама, обвинив их в отходе от основных мусульманских принципов, в коррупции, угодничестве перед Западом и Израилем. Программа этих организаций строится на том, что любой режим, отошедший от канонов ислама, должен быть свергнут силой, а на его руинах создан исламский халифат.

Было обращено внимание на регулярность и тайный характер голосования при ежегодном обновлении состава комитетов самоуправления.

В марте 1969 г. Х.Бумедьен приветствовал утверждение самоуправления «как победу коллективизма над частной собственнической стихией», В дальнейшем отмечалось увеличение числа самоуправляемых хозяйств и численности их работников (в 1973—1981 гг. со 180 тыс. до 230 тыс. человек). Наиболее сложные взаимоотношения у режима продолжают существовать с исламской религиозной оппозицией. В свое время Садат значительно активизировал исламский фактор в Египте, пытаясь привлечь исламские организации для борьбы с левыми силами страны, с наследием времен президента Насера. Правительственные органы пропаганды и информации усиленно вбивали в умы египтян представление о том, что коммунизм, сионизм, атеизм — понятия идентичные. Различные мусульманские организации получили мощную финансовую поддержку со стороны государства. Однако этой преднамеренно выпячиваемой протекции оказалось недостаточно для того, чтобы предотвратить оппозицию режиму со стороны самих религиозных кругов.

Самоуправление в промышленности перестало играть к 1970 г. заметную экономическую роль, но оно выжило благодаря стойкости и упорному труду рабочих. Это обстоятельство повлияло в дальнейшем на всю систему руководства экономикой, тем более что самоуправление сохранило значительные позиции в сельском хозяйстве. Реприватизация (возвращение частникам) самоуправляемых хозяйств в деревне также имела место, но в основном они сумели преодолеть трудности благодаря мерам властей в ноябре 1966 г., значительно облегчившим получение самоуправляемыми коллективами кредитов и техники.

Одним из главных предложений правительства в этом вопросе является постепенное сокращение субсидий при повышении зарплаты малоимущим слоям населения.
Маневры вокруг субсидии с тревогой воспринимаются большинством египтян.

Ведь реальные доходы 30% египетских семей не позволяют им даже обеспечивать необходимый рацион питания, не говоря уже о других потребностях. Повышенной цены на хлеб до «экономичного» уровня пиастров с нынешней цены в 1 пиастр будет означать дополнительные расходы на сумму в 43,8 фунта в год для каждого человека, что превышает месячное жалованье многих египтян.

Оно во многом справедливо указывало, что «тяжелое положение, в котором находится промышленное самоуправление, является результатом неустанных усилий антисоциалистов».

Однако в конце концов верх взяли экономические расчеты и объективная реальность, в условиях которой большинство промышленных предприятий было не в силах функционировать более или .менее эффективно без помощи государства техникой, кредитами, квалифицированными специалистами, организацией сбыта продукции и т. п., а в дальнейшем — вне четкого регламентирования и экономического планирования в рамках госсектора. Поэтому число самоуправляемых предприятий в промышленности сократилось с 507 в 1965 г. до 225 в 1970 г., а количество занятых на них—с 15 тыс. до 8 тыс. человек.

В результате со стороны властей последовали репрессии. Были арестованы многие представители прогрессивной общественности. Однако сдвига вправо не произошло. Подтверждение Бумедьеном необратимости социалистического выбора Алжира, его выступление в пользу сохранения самоуправляемого сектора (полной ликвидации которого под предлогом его нерентабельности требовали правые) и приоритета «революционного единства» над «единством национальным» (под прикрытием которого феодалы и буржуазия пытались вернуть свои позиции) похоронили расчеты реакции на уничтожение завоеваний алжирской революции.
Новое руководство обратило самое серьезное внимание на совершенствование руководства экономикой, в частности сектором самоуправления.

Логическим следствием сложившегося положения явилась замена Бен Беллы 19 июня 1965 г.

Революционным советом во главе с Хуари Бумедьеном, пришедшим к власти при поддержке армии. Бумедьен возглавил также и новое правительство. Были осуждены беспорядок в экономике, «анархия» и «импровизация», «конъюнктурный и рекламный социализм». Вместе с тем Революционный совет заявил, что он будет исходить из «положений Триполийской программы, подтвержденных Алжирской хартией». Несмотря на это, буржуазная реакция и империалистические круги не скрывали своих надежд на отход АНДР от социалистической ориентации развития.