При выборе авиакомпания опиралась на региональные маршруты без стыковок в Москве и Санкт-Петербурге. Citrus будет базироваться в аэропортах Казани и Омска, так как маршрутная сеть из этих городов не удовлетворяет существующий спрос. Помимо этого, в выбранных локациях не базируется ни один крупный перевозчик.

По информации Forbes по ссылкой на генерального директора Citrus, в настоящее время еще не завершено составление маршрутной сети, авиакомпания продолжает вести переговоры с несколькими аэропортами.